Отдел №1. Теории проектирования и геотехнологии комплексного освоения недр
Лаборатория №1.1. Теоретических основ проектирования горнотехнических систем
Лаборатория №1.2. Геотехнологии комплексного освоения месторождений полезных ископаемых
Лаборатория №1.3. Экологически сбалансированного освоения недр
Отдел №2. Центр проблем метана и газодинамических явлений угольных и рудных месторождений
Лаборатория №2.1. Многофазных процессов в массивах горных пород при разработке месторождений
Лаборатория №2.2. Геотехнологических рисков при освоении газоносных угольных и рудных месторождений
Отдел №3. Проблем моделирования и управления горнотехническими системами
Лаборатория №3.1. Геолого-структурного моделирования
Лаборатория №3.2. Интеллектуальных методов мониторинга горнотехнических систем
Лаборатория №3.3. Управления горнотехническими системами
Отдел №4. Проблем комплексного извлечения минеральных компонентов из природного и техногенного сырья
Лаборатория №4.1. Теории разделения минеральных компонентов
Лаборатория №4.2. Комплексной переработки нетрадиционного минерального сырья
Отдел №5. Проблем геомеханики и разрушения горных пород
Отдел №7. Аналитический центр изучения природного вещества при комплексном освоении недр